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日本在中国有名的学校主要包括：
东京大学（The University of Tokyo, UTokyo）
亚洲排名很高，在多个学科领域有杰出教学和研究成果。
京都大学（Kyoto University, Kyodai）
以人文科学、自然科学和工程等领域的卓越研究而闻名。
早稻田大学（Waseda University, Waseda）
在社会科学、商科、人文艺术等领域有优秀教学和研究。
东京工业大学（Tokyo Institute of Technology, Tokyo Tech）
著名的工程和理科大学，在工程技术和自然科学领域享有声誉。
大阪大学（Osaka University）
代表日本顶尖教育水准，是日本规模最大的国立大学之一。
东北大学（Tohoku University）
医学、工学、理学等领域闻名。
筑波大学（University of Tsukuba）
国立综合研究型大学，理工科较强，图书馆情报专业有特色。
神户大学（Kobe University）
综合研究型国立大学，以培养商业、经济人才著称。
这些学校在日本及国际上享有高声誉，并且在中国也有很高的知名度和影响力。此外，还有如北京日本人学校、广州日本人学校等教育机构，它们主要为在华日本人子女提供教育服务，也促进了中日友好关系
